XX əsrin 80-ci illərinin sonu, 90-cı illərinin əvvəlləri bütün Azərbaycanda, о cümlədən onun tərkib hissəsi olan Naxçıvanda ictimai-siyasi hadisələrin ən mürəkkəb dövrü kimi xarak-terizə olunur. Həmin dövrdə sovet imperiyası rəhbərliyinin Azərbaycanın maraqlarına zidd siyasəti, ermənilərin Naxçıvana ərazi iddiaları və sərhədlərdə hərbi toqquşmalar yaratması Muxtar Respublikanın həyatına ciddi təsir göstərmişdi.

Azərbaycanda, o cümlədən onun ayrılmaz hissəsi olan Naxçıvanda xalqın azadlıq uğrunda apardığı mübarizəni qələbə ilə başa çatdırmaq üçün siyasi təcrübəyə, diplomatik qabiliyyətə malik rəhbər lazım idi. Belə bir rəhbər Azərbaycanın görkəmli dövlət xadimi Heydər Əliyev oldu.

Heydər Əliyev 1990-cı il iyulun 20-də Moskvadan Bakıya, iyulun 22-də isə doğulduğu Naxçıvana gəlmişdir. 1990-cı il 30 sentyabr seçkilərində o, Nehrəm seçki dairəsindən Azərbaycan SSR-nin xalq deputatı, Naxçıvan Alt Trikotaj Fabriki kollektivi tərəfindən isə Naxçıvan MSSR-in xalq deputatı seçilmişdi.

1990-cı ilin noyabr ayının 17-də 12-ci çağırış Naxçıvan MSSR-in Ali Məclisinin ilk sessiyası Heydər Əliyevin sədrliyi ilə keçirilmişdir. Həmin sessiyada çox mühüm qərarlar qəbul olunmuşdu. Sessiya Naxçıvan Muxtar Sovet Sosialist Respublikasının adını dəyişdirərək Naxçıvan Muxtar Respublikası adlandırmağı qərara almışdı. Naxçıvan MSSR Ali Sovetinin adını dəyişərək Naxçıvan Muxtar Respublikasının Ali Məclisi adlandırılması, Azərbaycan Respublikasının milli istiqlal rəmzi olan üçrəngli dövlət bayrağının bərpası, onun Naxçıvan Muxtar Respublikasının dövlət bayrağı kimi qəbul edilməsi haqqında qərarlar qəbul olundu.

Naxçıvan Muxtar Respublikasının Аli Məclisi Azərbaycan SSR Ali Sovetinin qarşısında həmin bayrağın bütünlükdə Azərbaycanın rəsmi dövlət rəmzi kimi tanınması haqqında vəsatət qaldırdı. Naxçıvan MR Аli Məclisinin birinci sessiyasında müzakirə olunan ən mühüm məsələlərdən biri də 1990-cı il 20 yanvar faciəsinə verilən siyasi qiymət idi. 1990-cı il  noyabr ayının 21-də Naxçıvan MR Ali Məclisi Heydər Əliyevin işləyib hazırladığı "1990-cı ilin yanvar ayında Bakı hadisələrinə siyasi qiymət verilməsi haqqında" qərar qəbul etdi.

1990-cı il  dekabr ayının 14-də Naxçıvan MR Ali Məclisi deputat Heydər Əliyevin hazırladığı "Azərbaycan SSR-in Dağlıq Qarabağ Muxtar Vilayətində, Şaumyan rayonunda və Xanlar rayonunun Çaykənd kəndində yaranmış vəziyyətə münasibət haqqında" qərar qəbul etmişdi.

1991-ci il sentyabrın 3-də Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin sessiyasında Ali Məclisin sədri haqqında məsələ müzakirə edildi. Keçirilən çoxminli mitinqin və deputatların böyük əksəriyyətinin tələbi ilə Heydər Əliyevin Ali Məclisin sədri seçilməsi məsələsi iclasın gündəliyinə daxil edildi. Həmin sessiyada Heydər Əliyev üç dəfə çıxış edib, namizədliyini geri götürdüyünü bildirsə də, bu bir nəticə vermədi. Sessiyada iştirak edən 75 deputatdan 70 nəfəri lehinə səs verməklə, 5 nəfəri bitərəf qalmaqla Heydər Əliyev Naxçıvan MR Ali Məclisinin sədri seçildi.

1991-ci il sentyabrın 7-də Ali Məclis Naxçıvan Muxtar Respublikası Dövlət Müdafiə Komitəsinin yaradılması haqqında qərar qəbul etdi. Bu qərar Naxçıvanın müdafiəsinin gücləndirilməsi istiqamətində atılan ilk addım oldu. Sonrakı dövrlərdə qəbul edilmiş tarixi qərarlarla Naxçıvanda yerləşən sovet qoşunlarına məxsus hərbi texnika və silahların hamısının muxtar respublikada saxlanması təmin olundu. Bunun nəticəsində muxtar respublikada Milli Ordu yaradıldı, Naxçıvanın müdafiə potensialı gücləndirildi, bugünkü qüdrətli Azərbaycan Ordusunun əsası Naxçıvanda qoyuldu. Qeyd etmək lazımdır ki, ilk milli hərbi parad da 1992-ci il oktyabrın 9-da Naxçıvanda keçirilib.

Dünya azərbaycanlıları ilə əlaqələrin genişləndirilməsi üçün Heydər Əliyevin təşəbbüsü ilə Naxçıvan Muxtar Respublikasının Ali Məclisi 1991-ci il dekabr ayının 16-da hər il dekabr ayının 31-nin Dünya Azərbaycanlılarının Həmrəylik Günü kimi qeyd edilməsi haqqında qərar verdi və onun rəsmiləşdirilməsi haqqında Azərbaycan Respublikasının Ali Sovetinə qanunvericilik təşəbbüsü ilə müraciət göndərdi.

Ümummilli lider Heydər Əliyev Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin sədri olarkən xarici iqtisadi əlaqələrin qurulması sahəsində də mühüm addımlar atdı. 1992-ci ildə qonşu Türkiyə Cümhuriyyətinə və İran İslam Respublikasına səfərlər etdi, keçirilən görüşlərdə iqtisadi sahədə əməkdaşlığa dair protokollar imzalandı, hər iki dövlətlə iqtisadi, mədəni, təhsil və digər sahələrdə qarşılıqlı münasibətlər quruldu. 1993-cü il fevralın 5-də Türkiyə Cümhuriyyətinin, martın 8-də isə İran İslam Respublikasının Naxçıvanda konsulluqları fəaliyyətə başladı.

1991-1993 cu illər arasında Ümummilli lider Heydər Əliyev Naxçıvandakı hakimiyyəti dövründə Muxtar Respublikanı geniş tərəqqi yoluna çıxarmağı bacardı.

Heydər Əliyevin Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin sədri seçilməsi Azərbaycanın mürəkkəb və ağır dövrünə təsadüf edirdi. Məhz Heydər Əliyev şəxsiyyəti və bacarığı Naxçıvanı gözlənilən fəlakətlərdən qorudu və bu qədim diyarı düşmən əlinə keçmək təhlükəsindən xilas etdi.

Ümummilli lider Heydər Əliyevin 3 sentyabr 1991-ci ildə Naxçıvan Ali Məclisinin sədri seçilməsi, təkcə Naxçıvan üçün deyil, ümumilikdə müstəqil Azərbaycan dövlətçiliyinin qurulması baxımından tarixi hadisədir.

Tövsiyə edilən ədəbiyyat:

1. Qasımov, Ədalət Qasım oğlu. Heydər Əliyev və Naxçıvan Muxtar Respublikasının inkisaf tarixi: 1969-2003-cü illər: monoqrafiya / Ə. Q. Qasımov; layihənin rəh., ön sözün müəl., elmi red. Y. M. Mahmudov; AMEA A.A. Bakıxanov adına Tarix İnstitutu.-Bakı: Turxan NPB, 2013.-264 s
2. Hacıyev, İsmayıl Muxtar oğlu. Heydər Əliyev siyasəti: tarixdə və günümüzdə: monoqrafiya / İ. M. Hacıyev; red. Ə. Q. Qasımov.- Naxçıvan: Əcəmi NPB, 2013.- 296 s.
3. Ömrün üç günü: Naxçıvan: 29-31 oktyabr 1996-cı il.- Türkiyə: ERGÜN, 1997.- 91 s
4. Axundova, Elmira Hüseyn qızı. Heydər Əliyev: şəxsiyyət və zaman / E. H. Axundova. V hissə: 1990-1993: ömrün Naxçıvan aşırımları / rus dilindən tərc. O. Məmmədov; red. D. Vəkilova.- Bakı: CBS Polygraphic Production, 2013.- 736 s
5. Cabbarlı, Ələkbər Həsən oğlu. Heydər Əliyev və Naxçıvan tarixi məsələləri: monoqrafiya / Ə. H. Cabbarlı; elmi red. E. Y. Cəfərli.- Naxçıvan: Əcəmi NPB, 2015.- 232 s.
6. Qasımov, Ramiz Asəf oğlu. Müstəqillik yollarında: liderlik missiyası / R. A. Qasımov, Z. H. İsmayıl; elmi red. İ. Hacıyev; AMEA Naxçıvan bölməsi.- Naxçıvan: Əcəmi NPB, 2016.- 216 s.
7. Hacıyev, İsmayıl Muxtar oğlu. Naxçıvan Muxtar Respublikası müstəqillik yollarında: monoqrafiya / İ. M. Hacıyev; elmi red. İ. Ə. Həbibbəyli.- Bakı: Elm və Təhsil, 2016.- 360 s.
8. Əliyev, Rauf Feyzulla oğlu. Əsrə bərabər illər / R. F. Əliyev; red. M. Məmmədoğlu.- Naxçıvan: Əcəmi NPB, 2021.- 496 s.
9. Qasımov, Ədalət Qasım oğlu. Heydər Əliyevin inkişaf strategiyası və Naxçıvan Muxtar Respublikası: XX əsrin 70-80-ci illəri: monoqrafiya / Ə. Q. Qasımov; elmi red. Y. M. Mahmudov; AMEA A.A. Bakıxanov adına Tarix İnstitutu.- Bakı: Təhsil, 2009.- 320 s.
10. Axundov, Əkbər Bilal oğlu. Xalqın azadlığı uğrunda mübarizə Heydər Əliyevin həyat amalı idi: Naxçıvan dövrü haqqında xatirələr / Ə. B. Axundov; red. Ə. Ə. Sayilov.- Bakı: Araz, 2010.- 208 s.
11. Hacıyev, İsmayıl Muxtar oğlu. Heydər Əliyev siyasəti: tarix və müasirlik: monoqrafiya / İ. M. Hacıyev; red. İ. Ə. Həbibbəyli; AMEA Naxçıvan bölməsi.- Təkmilləşmiş, əlavələr edilmiş II nəşr.- Bakı: Elm, 2023.- 336 s.