В мае 1918 года впервые в истории было создано независимое армянское государство - Республика Армения (Араратская республика). Национальный совет Азербайджана принял решение передать город Иреван Армении в качестве столицы при условии, что к Азербайджану не будет предъявлено территориальных претензий. Однако первым актом армянского правительства было начало военных действий по захвату Зангезура и Карабаха.

В июле 1918 года армянские вооруженные формирования в составе 10 тысяч солдат, возглавляемые генералом Андраником Озание, отступившим из Восточной Анатолии, вошли в Зангезур. Они также планировали захватить Нагорный Карабах и присоединить эти территории к Армении.
22 июля по подстрекательству правительства Армении, проживающие в нагорной части Карабаха армяне, попытались провозгласить свою «независимость».
15 сентября 1918 года с помощью Кавказской исламской армии был освобожден от оккупации армяно-большевистских войск город  Баку. Армянские боевики, испугавшиеся наступления исламской армии на Карабах, сдали оружие и заявили, что готовы подчиняться всем распоряжениям азербайджанских государственных учреждений. Однако согласно Мудросскому соглашению, подписанному 30 октября 1918 г., Кавказская исламская армия должна была уйти с Кавказа. После этого вновь поднял свою голову армянский сепаратизм,  начались массовые убийства азербайджанского населения в верхней части Карабаха.

20 декабря 1918 года состоялось внеочередное заседание азербайджанского парламента, на котором были вынесены на обсуждения кровавые события, совершенные бандитами Андраника в Карабахе и Зангезуре. Совет министров, для решительной борьбы с армянскими вооруженными формированиями, на своем заседании 15 января 1919 года принял решение об учреждении временного генерал-губернаторства для Зангезурского, Шушинского, Джаванширского и Джебраильского уездов. Временный генерал-губернатор должен был быть наделен чрезвычайными полномочиями. Хосров-бек Султанов был утвержден на должность генерал-губернатора Карабаха, а 3 апреля его полномочия признал командующий союзными войсками в Баку генерал В. Томсон. Правительство Армении приветствовало масштабным политико-дипломатическим шумом создание правительством Азербайджанской Демократической Республики генерал-губернаторства.

В конце апреля 1919 года армянские сепаратисты на своем съезде отказались признать власть карабахского генерал-губернатора. 5 мая 1919 года, по настоянию азербайджанского правительства, генерал Томсон отдал приказ о выводе сепаратистов из Карабаха, а 5 июня в сопровождении британских представителей они были депортированы из Шуши в Тифлис. 6 июня на митинге в армянонаселенной части Шуши армяне заявили, что признают правительство Азербайджана. 15 августа армяне подписали соглашение с правительством Азербайджана и признали, что территории, населенные армянами, являются частью Азербайджана. Но, несмотря ни на что, правительство Армении продолжало помогать сепаратистам в Карабахе и усиливать их подрывную деятельность. 23 ноября в Тбилиси с участием заместителя Верховного Комиссара союзных держав на юге С. Рейна было подписано соглашение между председателем Совета министров Азербайджана Насиб-беком Юсифбейли и премьер-министром Армении А.Хатисовым. Но правительство Армении нарушило условия этого соглашения и 8 декабря ввело войска в Зангезур. Помимо вооруженной военной интервенции, правительство Армении уделяло особое внимание использованию средств для реализации своих претензий на азербайджанские земли. В конце 1919 года правительство Армении выделило на «освобождение» Нагорного Карабаха 19 миллионов манатов. 22-23 марта 1920 года в Нагорном Карабахе начались выступления против Азербайджана. В целях предотвращения армянской агрессии правительство Азербайджана направило в Карабах 20-тысячный военный контингент во главе с генерал-майором Хабиб-беком Салимовым. После кровопролитных боев азербайджанская армия установила суверенные права Азербайджана на всей территории Карабаха.

После падения Азербайджанской Демократической Республики 27 апреля 1920 года деятельность Карабахской губернии была прекращена.
Чрезвычайная следственная комиссия, созданная правительством Азербайджанской Республики, при поддержке правительства Армении  задокументировала следственные материалы о массовых убийствах, совершенных армянами в 157 селах Шушинского, Джаванширского и Джебраильского районов в 1918-1920 годах.

Рекомендуемая литература:

1. Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Ensiklopediyası : 2 cilddə / red. heyəti Y. M. Mahmudov [et al.] ; baş red. Y. M. Mahmudov. II cild. - Bakı : Lider nəşriyyat, 2005. - 472 s.
2. Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti: 1918-1920. Parlament: stenoqrafik hesabatlar: 2 cilddə / Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin 80 illiyinin keçirilməsi üzrə Dövlət Komissiyası, Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetini yanında Baş Arxiv İdarəsi.- Bakı: Azərbaycan nəşriyyatı, 1998.- I cild.- 976 s.; II cild.- 992 s.
3. Məmmədova, Həvva İsa qızı. Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti dövründə Yuxarı Qarabağda siyasi vəziyyət : erməni terrorizminin güclənməsi: 1918-1920 / H. İ. Məmmədova ; elmi red. A. C. İsgəndərov ; Azərbaycan Respublikası Mədəniyyət və Turizm Nazirliyi. - Bakı : Nağıl evi, 2006. - 150 s.